廢水處理有物理方法、化學(xué)方法和生物方法，而用微生物處理廢水的生物方法以效率高、成本低受到了廣泛使用。能除掉毒物的微生物主要是細(xì)菌、霉菌、酵母菌和一些原生動物。它們能把水中的有機(jī)物變成簡單的無機(jī)物，通過生長繁殖活動使污水凈化。有種芽孢桿菌能把酚類物質(zhì)轉(zhuǎn)變成醋酸吸收利用，除酚率可以達(dá)到99%；一種耐汞菌通過人工培養(yǎng)可將廢水中的汞吸收到菌體中，改變條件后，菌體又將汞釋放到空氣中，用活性炭就可以回收。有的微生物能把穩(wěn)定有毒的DDT轉(zhuǎn)變成溶解于水的物質(zhì)而解除毒性。每年在運(yùn)輸中有150萬噸的原油流入世界水域使海洋污染，清除這些油類，真菌比細(xì)菌能力更強(qiáng)。在去毒凈化中，不同的微生物各有“高招”！枯草桿菌、馬鈴薯?xiàng)U菌能清除已內(nèi)酷胺；溶膠假單孢桿菌可以氧化劇毒的氰化物；紅色酵母菌和蛇皮癬菌對聚氯聯(lián)苯有分解能力。

用微生物處理廢水常用生物膜法。所有的污水處理裝置都有固定的濾料介質(zhì)如碎石、煤渣及塑料等，在濾料介質(zhì)的表面覆蓋著一層由各類微生物組成的粘狀物稱為生物膜。生物膜主要是由細(xì)菌菌膠團(tuán)和大量真菌菌絲組成，在表面還棲息著很多原生動物。當(dāng)污水通過濾料表面時，生物膜大量地吸附水中各種有機(jī)物，同時膜上的微生物群利用溶解氧將有機(jī)物分解，產(chǎn)生可溶性無機(jī)物隨水流走，產(chǎn)生的二氧化碳和氫氣等釋放到大氣中，使污水得到凈化。

還有一種活性污泥法。所謂活性污泥是由能形成菌膠團(tuán)的細(xì)菌和原生動物為主組成的微生物類群，及它們所吸附的有機(jī)的和無機(jī)懸浮物凝聚而成的棕色的絮狀泥粒，它對有機(jī)物具有很強(qiáng)的吸附力和氧化分解能力。

利用微生物凈化污水雖然取得了可喜的成就，但在提高工作效益方面還有不少工作要做，因此還不能廣泛應(yīng)用于消除污染。